斯时，昙宗隐隐感觉到，烽烟四起，天下已经大乱，为了保寺济民，创立了“罗汉奇门棍阵”；此阵由“八卦”、“五行”组成，必须齐聚十三人。于是，昙宗边躲避王世充追杀，边寻觅可造之材，历尽艰险，收录农民周锦福、官宦子弟张天保、落魄大少高飞扬、江湖艺人佟锐、阴沉术士桓法嗣、嗜武如狂的“姚汉武”、憨直的马弁九斤、改邪归正的“王仁义”，以及少林寺的“僧丰”、“僧满”、“道广”、“智守”和昙宗本人组成了棍阵！

张天保与王世充的女儿王玉凤青梅竹马，自幼订有婚约。王世充为博得隋炀帝之宠，杀害了张衡一家。长子张天保侥幸逃脱。王世充却别有用心的留下弟弟张天永，并改其名为“王仁义”！……一场情人诀别、兄弟争斗更加残忍。让人刻骨铭心。

李世民为救民于水火，领兵讨伐洛阳城；王世充守城不出，两军隔河对峙！李世民为达目的，率秦琼、程咬金微服渡河刺探军情；不料被王仁义所擒。王仁义立下大功，野心勃勃，想先成为郑国驸马，再除去那王仁则，进而登上大位；最后，收拾王世充以报家仇！可惜事迹败露……

昙宗为了早日天下太平，便自告奋勇率领弟子，冒死潜入了洛阳城营救李世民；他们师徒十三人，冲进固若金汤的天牢，里面机关遍布，处处要命……昙宗请缨率领弟子们，施展少林绝技，攀越城头来到王宫劝王世充放下屠刀，立地成佛。王世充执迷不悟，命大队的禁军狙杀……好一场恶战。历史证明。没有十三棍僧就没有大唐王朝。

唐军获得空前胜利，李世民封昙宗为“大将军”，请他与十二僧随之征讨！昙宗清心寡欲，不愿为官，他情愿回少林寺，重整寺院，振兴少林武学，其高超的情节，不仅受李世民钦佩，也令世人永远景仰！

血战土匪

少林寺山下发生和尚抢劫杀人的案件，左县令认为是少林寺僧人所为，并将此案交给方丈调查。原来打家劫舍的“僧人”是山里的土匪假扮，土匪中武功高强的“眉心痣”设计了方丈和惠忍，却给少林弟子机会重创土匪。土匪头老妖子在混乱中逃脱，少林弟子却被赶来的左县令捉拿。左县令处理案件时的诸多漏洞让少林弟子心生怀疑，五位弟子根据疑点抽丝剥茧，调查后发现左县令是老妖子的侄子，因此一直为他包庇罪行。老妖子对少林寺怀恨在心，方丈希望能感化他，但老妖子冥顽不灵，终于引火自焚。

争夺袈裟

假和尚邺城做恶，只为引出达摩袈裟。方丈的师兄道恒为了抢夺袈裟而把方丈出卖给皇帝 ，方丈的身世遂被揭示。 当政昏庸无道，被道恒利用，也想得到袈裟。方丈答应在刑场上交付袈裟， 却自食恶果，毒发而痛苦不堪。方丈之女惜月欲手刃仇人，却被父亲劝阻感悟，终于放下心中仇恨。

寻宝剑

佛祖闭眼，不详的氛围笼罩少林，人心惶惶。方丈明白少林即将卷入乱世纷争，武林大会四位护剑长老写信请求少林僧人出战武林大会，以免宝剑落入贼手。寻剑时，北齐军队与北周开战，少林弟子倾力保护百姓，并结识犹如人中龙凤的杨坚，引为莫逆之交。在武林人士争夺宝剑的时候，大弟子惠橼为保护怀孕母鹿的安全，竟然以自己鲜血润剑，这一慈悲之举让在场众人都自叹弗如。而方丈却在拿到宝剑后将之投入山崖，并以“没什么物什比德行珍贵”之理点化众人。

公主之恋

北周公主宇文贺来少林寺寻找惠忍，道出和惠忍相恋不得相守的过往。公主未婚夫尉迟佑追随公主而来，要求与惠忍一战，惠忍战败。公主伤心离去，被叛军劫持，惠忍与师兄弟前去救援。平定叛乱，护驾成功后，周武帝让惠忍在百姓安危与儿女私情间抉择，惠忍最终决定成全大爱牺牲小爱，忍痛送公主远嫁。

王子复仇

惠石的魏太子身份公诸于世，不得已担下复国重任。却因此造成身边亲人朋友相继辞世。一将功成万骨枯的现实让惠石不忍。除去暴君后，惠石随方丈回寺，静心侍佛。

经历了重重劫难的少林寺终于又回复了往日的平静，方丈在弟子的陪同下重回少林。贪、欲、嗔、痴，凡夫俗子画地为牢，看得见，跳不出。佛光普渡，有时候懂得放下和舍弃，而不是过分执着于得到，生活才会更美好。